Projekt Klubów Młodego Odkrywcy powstał w 2002 roku z inicjatywy Janusza Laski i Kłodzkiego Towarzystwa Oświatowego. Był on skierowany do uczniów i nauczycieli szkół gimnazjalnych, którzy podczas zajęć pozalekcyjnych wykonywali eksperymenty i doświadczenia naukowe poszerzając swoją wiedzę przyrodniczą. Interaktywna metoda pracy z młodzieżą miała zaszczepić wśród nich modę na eksperymentowanie, rozbudzić ciekawość, a także inspirować do samodzielnego zdobywania wiedzy.
W latach 2002-2005 projekt realizowany był przez Kłodzkie Towarzystwo Oświatowe w ramach programu "Równać Szanse" Polsko-Amerykańskiej Fundacji Wolności i Polskiej Fundacji Dzieci i Młodzieży. W efekcie powstało kilkadziesiąt Klubów Młodego Odkrywcy na terenie całej Polski. Od 2009 roku rolę koordynatora Klubów Młodego Odkrywcy pełni Centrum Nauki Kopernik.
Dnia 18 czerwca 2012 roku Centrum Nauki Kopernik zawarło porozumienie z Polsko-Amerykańską Fundacja Wolności, mające na celu rozwijanie i promowanie inicjatywy Klubów Młodego Odkrywcy. Porozumienie podpisane przez Roberta Firmhofera, Dyrektora Centrum Nauki Kopernik i Jerzego Koźmińskiego, Prezesa PAFW jest efektem kilkuletniej, partnerskiej współpracy pomiędzy obiema instytucjami na rzecz nowoczesnej edukacji i wyrównywania szans edukacyjnych młodego pokolenia.
Z początkiem października 2014 r. Stowarzyszenie Upowszechniania Wiedzy „ExploRes” i Centrum Nauki Kopernik podpisały porozumienie o współpracy, u podstaw której leży rozwijanie sieci KMO w celu upowszechniania i promocji Programu. Wspólne działania partnerów obejmą merytoryczne wspieranie działalności Klubów, rozwijanie kompetencji ich Opiekunów do aktywizacji dzieci i młodzieży w proces uczenia opartego na dociekaniu i doświadczaniu, jak również angażowanie społeczności lokalnych (w tym rodziców) w aktywności edukacyjne KMO. Stowarzyszenie będzie dążyć do wzmacniania relacji między istniejącymi i nowo powstającymi Klubami, rozwijając ofertę Programu w odpowiedzi na potrzeby edukatorów prowadzących działalność w regionie.
Pod koniec grudnia 2014 roku Centrum Nauki Kopernik i Ilia State University (Tbilisi, Gruzja) podpisały porozumienie o współpracy. W ramach porozumienia gruziński uniwersytet jako regionalny partner będzie rozwijał, upowszechniał i promował sieć Klubów Młodego Odkrywcy. To nasz drugi regionalny węzeł programu, ale pierwszy za granicą!
Natomiast w dniu 20 listopada 2015 roku podczas IV Forum Klubów Młodego Odkrywcy dyrektor Ośrodka Doskonalenia Nauczycieli w Olsztynie podpisał instytucjonalne porozumienie z Centrum Nauki Kopernik w Warszawie.